El SIRH se divide en cuatro áreas temáticas: disponibilidad hídrica, calidad hídrica, estado actual del recurso hídrico y gestión integral del recurso hídrico. Cada una de estas se constituyen en diferentes módulos de registro y gestión de información dispuestos por el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible y el IDEAM, para su uso exclusivo de las autoridades ambientales.
Instrumentos de Información

MÓDULO DE REGISTRO DE USUARIOS DE RECURSO HÍDRICO (RURH)
Módulo de registro de los componentes RURH, MONITOREO, PUEAA y FUNIAS.

MÓDULO DE INSTRUMENTOS DE GESTIÓN DEL RECURSO HÍDRICO
Módulo de registro de los instrumentos de gestión del recurso hídrico PEM, POMCA y PORH.