El SIRH integra y estandariza el acopio, registro, manejo y consulta de datos, bases de datos, estadísticas, sistemas, modelos, información documental y bibliográfica, reglamentos y protocolos que facilitan la gestión integral del recurso hídrico (Decreto 1323 de 2007, compilado en el Capítulo 5 del Decreto 1076 de 2015 Sector Ambiente y Desarrollo Sostenible).
El SIRH se divide en cuatro áreas temáticas: disponibilidad hídrica, calidad hídrica, estado actual del recurso hídrico y gestión integral del recurso hídrico. Cada una de estas se constituyen en diferentes módulos de registro y gestión de información dispuestos por el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible y el IDEAM, para uso exclusivo de las autoridades ambientales.